Le patrimoine des communes de la Haute Garonne indique que le nom de Pinsaguel prendrait son origine dans un diminutif du mot « puis ». D'autres sources moins affirmées pensent que le nom actuel du village serait le résultat d'une déformation progressive de « passage à guet » en ancien français.

Quoiqu'il e soit, le village de Pinsaguel a, du fait de sa situation, toujours été placé sous le signe de l'eau.

Composé au départ de quelques cabanes de pêcheurs, le village commença vraiment à exister au début du XIII siècle. Pinsaguel devient un « vrai village » en 1318 suite à la construction de l'église Saint Pierre. Construite en pierre de calcaire taillée et amenée des Pyrénées par le fleuve, l'église serait selon les architectes le seul monument de ce type construit dans la région.

Au XIX siècle, l'histoire du village sera marquée par les caprices de l'eau, l'église Saint Pierre étant le seul édifice de centre du village à résister à l'inondation de 1875.

Le pont routier construit en 1825 et le pont du chemin de fer construit en 1860 font de Pinsaguel le principal lieu de passage entre Toulouse et Foix.

Enfin, le relais de poste construit en 1840 au pied du pont, témoigne également du rôle important de noud de communication entre le pays ariégeois et Toulouse que Pinsaguel a joué à partir de cette époque.